تتولى وزارة الأوقاف والشؤون الدينية الإشراف على تنظيم مؤسسة الصحة الوقفية (أثر)، ولكن المؤسسة تعمل بشكل مستقل مالياً وإدارياً لضمان تحقيق أهدافها المرسومة. وقد تم تعيين مجلس إدارة ذا خبرة مشهودة في إدارة الأموال بتنوعها المختلف ومن قطاعات حكومية وخاصة واداريين تنفيذيين لتحقيق أهداف المؤسسة.